Els òrgans superiors de direcció del Servei de Salut són el Consell de Direcció i la Direcció General. Depenent de la Direcció General i dins de l'estructura dels Serveis Corporatius són òrgans de direcció la Direcció d'Assistència Sanitària, la Direcció de Gestió i Pressupostos, la Direcció de Recursos Humans i la Direcció de Coordinació Administrativa.